Entre el realismo mágico y el expresionismo defensivo, sus pinturas sorprenden huyendo de una clasificación Tradicional o Esquemática. Es el pintor salvadoreño que más ha expuesto en galerías del mundo. Su obra forma parte de las colecciones del Museo de Arte Moderno (MOMA) de Nueva York.
Menéndez dota a sus pinturas de una coloración e intensidad únicas que destacan por el enorme formato de sus pinturas y por un expresionismo de gran fuerza y ​​dramatismo, logrado a través de colores que se fusionan y en desfiladeros cuya distorsión angular les proporciona movimiento y gran intensidad visual.
La abstracción representa una forma latente de un sentimiento del artista, para dar a conocer la perspectiva del pasado de su obra y su evolución hasta llegar al arte moderno. El estilo de sus obras es dramático y simbólico. En el mobiliario que sólo Menéndez puede manejar, aparecen ángeles, unicornios, demonios y otros seres imaginarios en colores y tonalidades que le confieren un arte místico único.
César Menéndez intercala en los elementos de su obra que reflejan la abstracción, la religión y la fantasía. "Cada cuadro para mí es un desafío, mi trabajo es difícil porque nunca he creído en lo fácil", afirma el pintor.